Nghị quyết số 57/NQ-TW đã tạo ra những cơ hội to lớn cho các tổ chức nghiên cứu khoa học tại Việt Nam. Theo quan điểm của Giáo sư, Tiến sĩ Khoa học Nguyễn Đình Đức, nguyên Chủ tịch Hội đồng Trường đại học Công nghệ, Đại học quốc gia, nghị quyết này mở ra bốn cơ hội chính cho lĩnh vực nghiên cứu khoa học. Thứ nhất, nó thúc đẩy quá trình tái cấu trúc và nâng cao hiệu quả hoạt động nghiên cứu theo hướng gắn kết chặt chẽ với thực tiễn và nhu cầu phát triển của đất nước. Thứ hai, tạo ra cơ hội hợp tác công-tư và liên kết quốc tế trong chuyển giao công nghệ theo mô hình ‘liên kết ba nhà’: Nhà nước-Nhà khoa học-Doanh nghiệp. Thứ ba, góp phần thúc đẩy chuyển đổi số trong hoạt động nghiên cứu, quản lý và kết nối tri thức. Thứ tư, tạo cú hích nâng cao chất lượng đội ngũ nghiên cứu, xây dựng môi trường học thuật sáng tạo.
Ngay sau khi Nghị quyết được ban hành, các tổ chức nghiên cứu đã triển khai những hành động cụ thể để đưa nghị quyết vào cuộc sống. Trường đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội đã thực hiện những điều chỉnh quan trọng nhằm phù hợp với xu thế phát triển và đáp ứng yêu cầu thực tiễn, tập trung vào các hướng nghiên cứu có tính ứng dụng cao. Các cơ sở nghiên cứu thuộc các đơn vị nhà nước và khu vực tư nhân đã quan tâm phát triển những sản phẩm, giải pháp có tính thực tiễn và khả năng ứng dụng cao.
Tuy nhiên, vẫn còn nhiều thách thức cần phải vượt qua. Nhiều lĩnh vực tiềm năng vẫn chưa được đầu tư nghiên cứu để phát huy lợi thế và tận dụng các cơ hội từ Nghị quyết số 57-NQ/TW. Theo quan điểm của Phó Giáo sư, Tiến sĩ Đồng Văn Quyền, Phó Viện trưởng Viện Sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, Việt Nam có lợi thế lớn về đa dạng sinh học và nguồn vi sinh vật bản địa, nhưng ứng dụng công nghệ vi sinh vào cuộc sống vẫn còn hạn chế.
Để hiện thực hóa các chủ trương, cần tăng cường liên kết ‘Nhà nước-Nhà Khoa học-Doanh nghiệp-Cộng đồng’ trong hoạt động khoa học, công nghệ. Các viện nghiên cứu, trường đại học, trung tâm đổi mới sáng tạo cần trở thành mắt xích quan trọng trong hệ sinh thái đổi mới sáng tạo quốc gia. Giáo sư, Tiến sĩ Khoa học Nguyễn Đình Đức cho rằng các cơ sở đào tạo, tổ chức nghiên cứu cần xác định rõ vai trò cốt lõi để thật sự trở thành trung tâm sáng tạo, nơi sản sinh tri thức và chuyển hóa tri thức thành công nghệ, thành sản phẩm.
Ông Nguyễn Trung Chính, Chủ tịch Hội đồng Quản trị, Chủ tịch Điều hành Tập đoàn CMC, đề xuất thành lập Trung tâm Đổi mới sáng tạo của Hà Nội, đặt tại Khu Công nghệ cao Hòa Lạc, theo mô hình đầu tư công-quản trị tư. Trung tâm này sẽ là đầu mối chiến lược kết nối các nguồn lực R&D, đào tạo nhân lực, chuyển giao công nghệ, hình thành các vườn ươm, tổ chức hoạt động khởi nghiệp, vận hành sàn giao dịch công nghệ và tạo ra không gian mở, thúc đẩy các sản phẩm ‘Make in Vietnam’ từ ý tưởng đến thương mại hóa.
Một số nhà khoa học chỉ ra nguyên nhân khiến đóng góp của khoa học công nghệ đối với phát triển kinh tế xã hội còn hạn chế là các đề tài nghiên cứu được xây dựng với thời gian thực hiện ngắn, không đủ giải quyết các bài toán khoa học-công nghệ mang tính nền tảng hoặc chiến lược; thiếu cơ chế tài trợ trung và dài hạn, khiến các nhóm nghiên cứu khó theo đuổi các hướng đi bền vững, có khả năng tạo ra đột phá công nghệ thật sự; còn thiếu các chương trình chuyển giao hiệu quả.